INCEBIO tiene tres principales áreas de acción que son La Moskitia, Occidente y el Golfo de Fonseca. Hemos tenidos infuencias en diferentes áreas protegidas que conservan diferentes ecosistemas. En el área Moskitia hemos trabajado en Reserva de Biosfera Tawahka, Reserva del Hombre y Biosfera del Río Plátano, Federación Indigena de la Zona de Mocorón y Segovia. En la zona sur hemos trabajado en la Bahía de Chismuyo, Refugio de Vida Silvestre Los Delgaditos y Área de Manejo de Hábitat por Especies Las Iguanas-Punta Condega. En el occidente Complejo de Áreas Protegidas de la Biosfera Cacique Lempira, Señor de Las Montañas y Biosfera Trifinio Fraternidad.
A nivel de corredores biológicos, hemos tenido influencia en la creación de algunos corredores como el Corredor La Unión, Corredor Bahía de Chismuyo y diferentes corredores en el occidente de Honduras. Actualmente somos miembro del Consejo Nacional de Corredores Biológicos de Honduras (CONACOBIOH), apoyando así la gestión de los corredores biológicos en Honduras e impulsando políticas publicas para la conservación de territorios de importancias para la conservación fuera de áreas protegidas.
INCEBIO también ha desarrollado de manera efectiva colaboraciones a nivel regional vinculando así estrategias de conservación de especies y ecosistemas en un contexto de distribución natural sobrepasando las divisiones politicas de los países para conservar las especies en un mayor espacio geográfico. Entre estas podemos mencionar, la Estrategia de Conservación Latinoamericana de Felinos, Estrategia Centroamericana de Conservación de Murciélagos, Estrategia Latinoamericana para la Conservación de los Murciélagos. Actualmente son estretegias que presentan resultados positivos para la conservación de estas especies. Por otro lado, hemos logrado realizar acciones binacionales como el Programa de Conservación del Puma donde participan organizaciones de Honduras (INCEBIO) y El Salvador (Territorios Vivos El Salvador y Fundación Naturaleza) o la declaratoria del Área Transfronteriza para la Conservación de los Murciélagos Trifinio-Fraternidad donde participan los Programas de Conservación de Murciélagos de Honduras, Guatelama y El Salvador.
Por otro lado, el INCEBIO ha tenido presencia en otros sitios a nivel nacional a tráves de la prestación de servicios profesionales apoyando diferentes proyectos de UICN, MiAmbiente, ICF, PNUD, entre otros.
Fundación para la Investigación y Conservación de los Ecosistemas y la Biodiversidad 